Die über hundert Jahre währende friedliche Entfaltung des Lebens wurde bald darauf durch eine Bauernerhebung gestört, die sich auf das engere Gebiet am Hochrhein beschränkte und ihren Ausgang in der Landschaft Möhlinbach nahm. Die Ursache war die Erhöhung des Umgelds, eine Umsatzsteuer auf den Wein, die pro Mass einen Rappenpfennig betrug. Die ausbrechenden Unruhen nannte man daher den Rappenmasskrieg oder Rappenkrieg. Die Empörung brach los, als die neue Weinsteuer von den Landständen ausgeschrieben wurde.
Die Initiative hatten die Dörfer der Landschaft Möhlinbach ergriffen. Ihnen schlossen sich die Bauern aus den ganzen Fricktal, vom Hotzenwald, vom Wehratal und vom Dinkelberg an. Im März 1612 hielten sie eine allgemeine Bauernversammlung in Mumpf ab, lehnten die Zahlung des Rappenmasspfennigs ab und gelobten sich gegenseitige Unterstützung in ihrem Kampf. Mumpf wurde sozusagen Hauptquartier der bäuerlichen Erhebung, denn hier in der „Glocke“ versammelten sich die Anführer öfters zu ihren Beratungen. Sie sandten eine Botschaft mit ihren Beschwerden an die vorderösterreichische Regierung nach Ensisheim. Ihre Klagen richteten sich hauptsächlich gegen die zu hohen Steuern und die übermässigen Frondienste. In den letzten Jahren hätten auch Misswachs und schwere Unwetter die Ernte zugrunde gerichtet, so dass viele Bauern noch Frucht einkaufen müssten. Unter anderem beklagten sich die Bauern auch darüber, dass die Obrigkeit nichts unternehme gegen Unholde und Hexen, die schon oft durch Ungewitter und Hagelschlag die Feldfrüchte vernichtet und Mensch und Vieh geschädigt hätten. Die Regierung ging auf die Beschwerden nicht ein und verlangte Unterwerfung. Eine Verhandlung zwischen Regierungsvertretern und etwa 800 bewaffneten Bauern, die sich im Juli 1612 auf dem Feld bei Mumpf versammelt hatten, verlief ergebnislos und die offene Rebellion brach aus. Die Bauern bedrohten die Waldstädte, die es abgelehnt hatten, mit ihnen gemeinsam vorzugehen. Sie bedrängten Waldshut und Säckingen, gruben der Stadt Laufenburg das Trinkwasser ab und schritten zur Belagerung von Rheinfelden. Da ihnen aber das nötige Kriegszeug fehlte, mussten sie wieder abziehen. Sie verwüsteten das Vorgelände der Stadt, verübten einen Gewaltstreich gegen das Kloster Olsberg und beschossen vom linken Rheinufer aus die Kommende Beuggen. Nun entsandte die Regierung Truppen gegen die Aufständischen. Diese ersuchten in ihrer Bedrängnis die Eidgenossen um Hilfe. Nachdem auch die Regierung die Eidgenossenschaft um Vermittlung angegangen hatte, versammelten sich im September 1614 auf Beschluss der Tagsatzung die Abgesandten sämtlicher eidgenössischer Orte in Rheinfelden, um zwischen den Parteien zu vermitteln. In achttägiger Verhandlung erreichten sie es, dass die Regierung auf eine harte Bestrafung der Bauern verzichtete, diese ihrerseits nachgaben und sich unterwarfen. Mit milden Strafen kamen die Bauern und ihre Anführer davon. Ein grosses Blutvergiessen, dass bei der Hartnäckigkeit, mit der sich beide Parteien zuletzt auf ihre Haltung versteift hatten, wurde durch die kluge und massvolle Vermittlungsfähigkeit der Eidgenossenschaft verhindert und der Friede wieder hergestellt.
